저도 동일한 문제로 검색을 해봤지만 해답이 없어 고생하다가 문제를 해결했습니다.
그래서 같은 증상으로 검색하시는 분들을 위해 5년 가까이 지난 글에 답변 달아봅니다.
문제는 링크된 파일에 파일이름중에 슬래시 (/)가 있으면
\"연결된 파일을 복사할수 없습니다\"라는 메시지가 뜨고 패키지를 중지하게 됩니다.
따라서 링크된 파일중 파일명에 슬래시가 들어간 파일을 모두 찾아내서 파일명에서 슬래시를 삭제하고
다시 재링크하시면 문제없이 패키지가 진행됩니다

저도 다른 분들을 위해 댓글 남깁니다.
정확하진 않지만 외장 하드를 통해 복사된 파일로 작업할 때도 문제가 생기는 것 같습니다.
참고로 외장하드 제조사에서 요구하는 소프트웨어를 설치하지 않고 복사했습니다.

제가 해결한 방법을 아래에 정리합니다.
1. 모든 링크의 권한 설정을 "읽기 및 쓰기"로 바꾸기 (상위 폴더의 정보에서 수정 후 하위 항목에 모두 적용)
2. 모든 링크 재연결 (보이지 않는 레이어까지 전부 확인해야 합니다)

패키지할 때 생기는 문제와 비슷하게
PDF를 내보낼 때도 링크 이미지가 세로 줄무늬로 깨지는 문제가 나타나기도 합니다.
그것도 위와 같은 방식으로 해결 가능합니다.