그래픽 프로세서를 비롯, 무엇보다 하드디스크 성능이 크게 뒤쳐지기 때문에 아이맥이 훨씬 유리한 상황이라고 봅니다.

하드디스크는 7200rpm으로 동일하고,
GPU는
맥미니서버-Intel HD Graphics 3000 프로세서(384MB DDR3 SDRAM공유)
아이맥-AMD Radeon HD 6750M 그래픽 프로세서 (512MB GDDR5 메모리)

고민되네요

맥미니 서버는 안써봤지만
맥미니는 어쨌든 고급형은 아닙니다. 생각보다 답답합니다.
애플의 최고장점이 조립의 묘인데 맥미니는 부품들의 조합에 비해 좀 떨어지는 느낌이랄까요.
하지만 SSD를 달면 좋을거라고 여겨지네요.

회전수가 동일하다 하더라도 2.5 인치 하드디스크는 3.5 인치 하드디스크에 비해 seek time 이 느립니다. 이게 생각보다 체감 성능에 적지 않은 영향을 줍니다.

SSD 를 쓰신다면 훨씬 더 쾌적하겠지요.

맥미니 서버와 맥프로(구형8코어/그래픽카드 HD5870)로 파컷과 모션을 쓰고 있습니다. 전문가는 아니며, 업무상 조금씩 쓰는 정도입니다.
먼저 아이맥을 사시는것을 추천드립니다.

과거 맥미니가 성능에서 밀렸지만 2011년형 맥미니 서버는 그렇지 않습니다. 아이맥도 결과적으로 모두 모바일 부품이고 HDD 정도가 3.5인치 7200RPM입니다. 맥미니 서버도 2.5인치 7200RPM이죠

그래픽 성능이야 당연 딸리지만, 모션을 돌리는데 문제는 없습니다. 오브젝트가 많아도 실시간 랜더링에 문제가 없습니다. 파컷을 이용해서 작업을 할경우 멀티코어 역할이 큽니다. 백그라운드 작업이 많기 때문인데요. 여기서 HDD를 SSD로만 교체하면 큰 효과를 보게 되죠.

아이맥이 맥미니보다 성능과 구성물에서 훨씬 뛰어나긴합니다만, 다만 SSD로 교체하는데 어려움이 있는 점이 좀 아쉬운 면이 있습니다.
아이맥 기본 모델의 HDD와 외장하드로도 충분한 작업이 가능하다면 아이맥을 추천드립니다.

저라면 당근 아이맥쪽으로 기울겠네요
추가로 썬더볼트 외장을 장착하고 말입니다.

흠 저라면 아이맥 한표~

감사