실사용을 해보지 않아서 경험적으로 말씀드릴 수는 없습니다만 제 생각을 말씀드리면,
아마도 성능에는 둘 다 모자르지 않을 것 같지만 해상도는 프로그래밍에 꽤 큰 영향이 있을 것 같습니다.
레퍼런스도 띄우고 에뮬(?)도 띄우고 하시려면 픽셀 수가 많은 것이 더 유리할 것 같습니다. 물론 추가 모니터 있으면 더 좋습니다.
그리고 그외 부차적인 요소(ODD나 1394 유무, 베터리, 기타 등등)도 고려하셔서 잘 결정하시길 바랍니다.

아, 참고로 현재 맥북프로가 곧 버전업 된다는 말들이 있습니다.
시기상 되긴 한 것 같은데, 개인적 예상으론 에어과 같은 해상도의 Display를 사용할 것 같습니다. 그외 어쩌면 에어돠 같은 SSD와 함께 추가하드를 더 달 수 있을지도 모릅니다.
결정에 도움되시길 바랍니다.

대단히 감사합니다..^^