음.. 정확하게는 잘 모르겠는데요.
1번 2번의 경우는 제가 리퍼를 안해봐서 모르겠고요.(이어폰과 충전케이블은 망가지기전에 잃어버리길 자주해서 재구입했어요)
3번의 경우는...충전단자 부분의 금이 리퍼대상인 크랙일 경우엔 가능할것같은데요. 크랙인 아니고 단지 외관상의 이유로 리퍼는 안될것 같습니다.
전 1년정도 사용하니 진동버튼이 고장나고, 홈버튼이 평면에 가깝게 들어가서 간단히 리퍼 받았고요.
근데 전 3gs였고요. 3g 리퍼 물량은 어떻게 되는지 확인해보셔야 될듯하네요.

백업은 아이튠즈에서 아이폰 백업해주었더니, 모든 문자기록과 메모장, 통화내용까지 그대로 백업되었습니다.
물론 음악/동영상은 제가 원래 수동으로 관리해서 모두 지워졌고요.
혹시 모르니, 연락처는 네이버연락처 같은 무료어플에 한번더 안전하게 백업해 두시고 리퍼받으러 가시는게 좋을것같습니다.
아.. 아이폰에 있는 사진도 혹시 모르니 백업해두시고요.

그리고 다운받은 어플의 경우.. 각 어플에 따라 초기화 되는 어플이 있고, 백업전까지의 모든 데이터를 유지한채 새 아이폰에 깔리는 어플이 있습니다.
끝으로.... 만약 리퍼 받으시고 새폰을 백업으로 복원하실때
간혹 폴더가 풀린채 어플이 마구잡이로 깔리는 경우가 있는데.. 그땐 다시 하나하나 어플 정리하지 마시고, 바로 다시 백업에서 복원 한번 더 해보시고, 꼭 에어플레인모드로(갑작스런 전화나 다른 기능으로 처음하는 동기화가 꼬이지않게) 하시길 권해드립니다.
적다보니 너무 길게 썼네요;;; 그럼 잘 해결되시길 바랍니다-^^