투명도 문제라면 출력소의 립이 구형이라 투멸도 병합을 못했다는 겁니다.
대부분의 출력소 립이 업글되어서 투명도 문제로 속썩일일은 드뭅니다.
출력기의 PDF 버젼이 1.4 이상만 지원되면 출력립에서 투명도 병합이 가능하므로 출력에 문제가 없습니다만 그 이하의 출력 버젼에서는 PDF자체에서 투명도 병합을 해줘야하는데 그래서 생긴 표준이 PDF/X-1a:2001같은 규격입니다.
 암튼 출력기의 에러로 인한 사고입니다. 차후 이런 작업항 일이 생기면 출려소의 리핑한 데이터를 눈으로 확인하시고 내보시면 충분히 예방가능한 일입니다.

립에 따라 출력소에서의 변수가 많아서 잘 나올때도 있고, 말씀처럼 통채로 빠질 경우도 있고, 때론 투명한 효과만 안나올 경우도 있습니다. 앞으로 출력 맡기실 경우 투명도 적용여부를 알려주셔서 미리 확인하고 필름출력할 수 있도록 조치하시는겟이 좋겟습니다.
참고로 일러스트에서 투명도나 그림자 등 효과를 주었을 경우 최하 버젼 10으로 저장하셔야합니다.

답변감사합니다.
일러는 10을 쓰다가 툴상자가 사라지고, 파렛트가 안나오는 등에 에러가 자주 발생해 지우고 9만 쓰고 있어요. (이부분은 다시 10을 써야되려나요..--;)
실질적으로 모든 인쇄물에 대하여 발로 뛰어 확인해가며 하는것이 좋은건 알고 있지만 사실 그렇게 잘 못합니다.
인쇄물은 같은지역도 아닌 타지역에 있는 인쇄소로 발주를 하는 상황이라
안타깝지만 일일이 확인을 못해요.. .
만약 말씀하신 것처럼 립이 구형이라 이런 문제가 생겼고,
계속 같은 인쇄소와 거래를 해야하는 상황이면
투명도 부분을 민감하게 신경쓰고 해야하는 방법이 최선이겠군요...

Norma-Sykes님의 전문적 식견이 확연히 돋보이는 답변이십니다.
저도 많은 도움이 되었습니다.
감사합니다.

덧붙이자면.. 인쇄감리는 사실 안가보셔도 됩니다. 인쇄기의 성능이 워낙 좋아져서 프린트나 교정지만 가져다 주면 인쇄사고날 확률은 극히 없습니다.
저 역시 필름만 확인하고 인쇄감리는 전혀 하지않습니다만 인쇄사고보단 제본사고가 더 염려가 됩니다.
출력소들의 환경이 PDF로 전환되는 시점이라 이에맞춰 장비교체들도 이루어지고 있으므로 새로운 어플리케이션에 대한 대응이 느립니다. 따라서 특별한 효과를 준 데이터는 구두라도 언질을 주셔서 대신 확인하게끔 조치하는 방법이 안전합니다.

아...굉장히 좋은 정보를 얻은 거 같아요;;;
으음..저두 그 투명도에 대한 얘기는 대충 들었는데 이렇게 자세히 알게 되다니...ㅎㅎ
하나 제대로 배워가네요~감사합니다~ㅎㅎ

투명조 줄려면 포토샵에서 작업하는게 좋을듯...

저도 예전에 경험했던 기억이 있는데요~
그 후론 아예 일러에선 그 어떤 투명도를 주지 않습니다. 아예 사고의 씨앗을 처음부터 없애는것이 제일 안전하고 정신건강에 좋더군요~

그런데.
작업하다보면 종종 쓰게되는 유료클립아트를 보면
투명도, 메쉬, 블랜딩모드효과(멀티,스크린...)가 사용된 것이이 꽤 있는데..
이런것들도 핏투님 말씀처럼 사고의 씨앗이겠죠? ..........ㅠ

초기부터 일러나 포토이용하신분들은 프로그램 성격에 맞게 그작업을 해서 사용하는데 요즘 젊은 분들은 일러등의 새기능들을 마구 적용하더군요 불안하던데 포샵도 필터 잘 안스게 되는데 역시 생각의 차이가 납니다.

일러에서 투명도를 썼다고해서 이미지 전체가 빠지지는 않는걸로 압니다..
다만 적용한 투명도 부분이 적용이 안되는 정도지..
제생각엔 이미지 전체가 빠졌다면 이미지를 불러올때 링크가 걸린거 같습니다..
꼭 확인해 보셔야 할 부분이지요..

일러에서 투명도 적용이 걸린다면 작업후 object / Flatten Transparency
해 주시면 되지않을까요?