신기하거나 이상한 현상이 아니라 작업자가 잘못 한 것입니다.
원인은 작업물에 투명도가 들어간 효과를 사용해서 그렇습니다.
CS이하는 레거시버전이라고 칭하는데 CS버전과는 투명도병합방식이 틀립니다.
CS버전에서 투명도를 사용해서 작업했다면 레거시버전으로 저장시
<저장설정창에 투명도병합 부분이 활성화> 될 겁니다.
EPS나 AI저장시 일러스트 초기설정의 <중해상도>나 저해상도로 저장하면(이 부분이 작업자가 잘못한 부분)
CS버전에서 작업한 투명도가 들어간 <효과>들이 비트맵방식이나 레거시호환방식으로 변환되면서 나타나는 문제입니다.
(특히 투명도를 일부 지원하는 9버전이나 10버전이 레거시와 CS와의 과도기버전으로 이런 현상이 심합니다.)
EPS파일을 CS저장버전으로 그냥 불러다 쓰거나
작업필요상 레거시버전으로 저장할 때는 반드시 투명도설정값을 <고해상도>로 저장하세요.

두 개체 사이에 투명도가 사용됐는 지 확인해 보려면 바탕색을 지운 후 <중해상도>로 저장해 보면 알 수 있을 겁니다.

광속처리님의 해박한 지식에 놀랄따름입니다.
다시한번 파일을 열어 확인을 해봐야겠습니다.
답변주셔서 정말 감사드립니다.

없는게 생긴게 아니라 원래 있네요
레이어 팔레트 화살표 눌러서 보세요
cs는 가려져있어서 안보이는데 9로 저장했을때는 다 보이네요
가려져있는거 지우고 9로 저장하면 될꺼 같은데
혹시 해서 일러스트10으로 저장해보니 cs처럼 가려져서 저장되는데
9는 다 보여지네요

어리둥절님 제가  버전9로만 작업하다보니 CS에 숨기기 기능이 있는걸 몰랐습니다.
이걸 해결하느라 근 보름동안 원본 파일을 버리지 않고 연구했는데 이제 속이 시원합니다.
도와주셔서 감사드립니다.