메뉴에 파인더에서 환경설정에서 일반에 들어가신다음 하드디스크에 체크를 해주시고요.

파라곤 NTFS...라는 프로그램이 설치되면 시스템환경설정 시동디스크에서 윈도우 하드가 안나오는데 혹시 이 프로그램을 설치하신건 아니신지요.

저도 같은 문제로 재설치 해보고 안되서
클린 설치 해야 되나 고민 하다가..
구글 검색에서 나온 애플 포럼의 방법으로 겨우 해결했네요...
먼저는 시스템 환경에 있는 모든 ntfs관련 항목을 삭제 하세요
그리고 /System/Library/filesystems/ufsd.fs 파일을 삭제 하신후
재부팅 하시면 읽기 전용으로 하드가 잡힙니다. 그런후에 ntfs관련
어플을 설치 하시면 쓰기도 가능하네요...