iOS 5부터였던가...아이튠즈에서 어플 지우고 동기화시키면 모바일 기기의 어플이 아이튠즈로 복사됩니다. (결과적으로 필요없는 것들 지우고 사용하는 놈들만 남겨둘 수 있게 되죠.)

"자동 동기화되어 설치되는" 것이 어떤 것을 말씀하시는지 확실치 않으나, 아이폰에서 구입한 어플이 아이패드에도 자동으로 (아이튠즈 동기화 없이) 설치되는 것이라면 해당 옵션은 아이패드의 설정에서 끌 수 있고요... 아이폰에서 새로운 어플을 구입하고, 그것을 아이튠즈와 동기화해서 아이튠즈에도 저장된 상태에서, 아이패드를 아이튠즈와 동기화했을 때 그 어플이 아이패드에 들어가는 걸 말씀하시는 거라면, 아이튠즈 상에서 아이패드의 어플 탭에서 "새로 구입한 항목 자동 동기화"인가 하는 것을 끄면 됩니다.

솔직히 말해서, 언제부턴가 아이튠즈에 어플을 저장해둬야 할 이유는 없어진 것 같습니다. 어플로 작업하던 데이터나 세팅이 아이튠즈에 저장되는 것도 아니고, 구입내역을 확인해서 재설치 하는 것도 아이튠즈 없이 가능하고...굳이 필용성을 찾자면 용량이 커서 와이파이로 받기에 시간이 걸리는 놈을 데스크탑으로 받아서 설치하기 위한 것 정도랄까요...